En el año 1982, la  Universidad Laica Vicente Rocafuerte de Guayaquil, Extensión Manta,  crea la escuela de Tecnología Agropecuaria para iniciar un proceso de formación de profesionales en el área agrícola.

La Universidad Laica  “Eloy Alfaro” de Manabí (ULEAM), creada según Ley No 10 y publicada en Registro Oficial 313 de noviembre 13 de 1985  asumiendo las competencias de la extensión de la Universidad Vicente Rocafuerte de Guayaquil.

Posterior a ello en el año 1988, la ULEAM, consciente de la nueva misión de apoyar al fortalecimiento de las actividades agropecuarias para garantizar una seguridad alimentaria e impulsar el desarrollo de la provincia de Manabí y del país, tuvo el oportuno acierto de crear La Facultad de Ciencias Agropecuarias, que tendría como objetivo trascendental, la formación de profesionales “Ingenieros Agropecuarios” con las especialidades de ingeniaría agrícola y pecuaria.

A partir del año 1997, frente a las nuevas necesidades de forma profesionales con un perfil amplio, unifica las dos especialidades, formado profesionales en Ingeniería Agropecuaria.

Posterior a ello, en el transcurso de año 2003, para atender la necesidad sentida en el agro, para la transformación de la materia prima animal y vegetal, el H. Consejo Universitario en sesión ordinaria del lunes 29 de diciembre del 2003, previo informe del Consejo Académico, sobre la creación de la Carrera de Agroindustria, resolvió acoger el informe del Consejo Académico  y se autoriza la apertura de la Carrera de Ingeniería Agroindustrial en la Facultad de Ciencias Agropecuarias, a partir de año lectivo 2004 – 2005.

Por la urgencia del cuidado y recuperación del medio ambiente en el ámbito local, nacional e internacional, el H. Consejo Universitario en sesión ordinaria del lunes 13 de septiembre del 2010, conoció el  informe del Consejo Académico, sobre la apertura de la Carrera de Ingeniería en Recursos Naturales y Ambientales, el mismo que fue aprobado sin objeción, con esta resolución la Facultad de Ciencias Agropecuarias podrá iniciar el primer semestre de la Carrera a partir del curso lectivo 2010 – 2011.